aborted linux
2017-06-05 19:42:43 sevennineeleven 阅读数 7476

前段时间在别人的代码基础上添加新的功能,自测的时候出现进程退出(进程退出后会再带起来,所以很难发现),经过仔细测试发现aborted错误。我把自己添加的代码挂起后,再进行测试发现问题还在,说明是别人的代码有问题。这样就增加了排查难度。其实这类错误一般是内存越界访问造成的,一般不会立即出现,往往是在运行一段时间的时候,恰好内存访问到哪里出现。所以报错的时候你可以添加打印缩小范围,例如确定到某个函数就简单许多了。接着你就要重点关注memcpy(),strncpy(),strcpy()函数。还有就是memset()和malloc()等内存操作,这些需要重点关注,一般问题就是出现在这些地方。我遇到的问题就是分配的内存是malloc(strlen(str)),结果在memset的时候却是memset(str,0,strlen(str+1))。以上是我的经验,愿给大家带来帮助。


2014-04-11 20:01:49 u014611922 阅读数 2386

启动hbase shell后发现


先查看/hbase/logs中的日志


org.apache.hadoop.hbase.master.HMasterCommandLine: Failed to start master

java.lang.RuntimeException: HMaster Aborted
at org.apache.hadoop.hbase.master.HMasterCommandLine.startMaster(HMasterCommandLine.java:160)
at org.apache.hadoop.hbase.master.HMasterCommandLine.run(HMasterCommandLine.java:104)
at org.apache.hadoop.util.ToolRunner.run(ToolRunner.java:65)
at org.apache.hadoop.hbase.util.ServerCommandLine.doMain(ServerCommandLine.java:76)

at org.apache.hadoop.hbase.master.HMaster.main(HMaster.java:2120)


查看hbase-site.xml

<configuration>
<property>   
    <name>hbase.rootdir</name>    
    <value>hdfs://localhost:9000/hbase</value>     
</property>


<property>
<name>hbase.cluster.distributed</name>
<value>true</value>
</property>

</configuration>



后面发现和hadoop不一致,注意要以网页的端口号为准

在浏览器里打开

打开:http://localhost:50070/

NameNode 'localhost.localdomain:8020'


然后hbase-site.xml改为


<configuration>
<property>   
    <name>hbase.rootdir</name>    
    <value>hdfs://localhost:8020/hbase</value>     
</property>


<property>
<name>hbase.cluster.distributed</name>
<value>true</value>
</property>

</configuration>

注:要先运行hadoop才可以,就是在命令行中敲入start-dfs.sh

最后进入hbase shell

可以正常操作

2018-12-08 17:07:59 weixin_39750084 阅读数 609

(作者:陈玓玏)
在Linux中安装上pip后,通过pip install安装python库时出现这个问题:

root@DZG0370:/mnt/c/Windows/System32# pip3 install pandas
Downloading/unpacking pandas
python3: ../sysdeps/posix/getaddrinfo.c:2591: getaddrinfo: Assertion `(__extension__ ({ const struct in6_addr *__a = (const struct in6_addr *) (sin6->sin6_addr.__in6_u.__u6_addr32); __a->__in6_u.__u6_addr32[0] == 0 && __a->__in6_u.__u6_addr32[1] == 0 && __a->__in6_u.__u6_addr32[2] == __bswap_32 (0xffff); }))' failed.
Aborted (core dumped)

安装好几个包都是,猜测可能的原因:网络问题,因为我没有更改镜像源,所以可能连不上外网,就会出现这个错,因为我后来又试了一次,就可以,所以猜测是因为网络原因出现的错误。

解决方案:1)要么就是连外网,2)更改为国内镜像源,3)直接把源码下载下来安装,但是要自己解压自己编译。

小提示:很多源码都是C++写的,所以编译时需要用到gcc和cmake,需要先通过apt-get install下载这两个,可以看一篇具体的例子,通过源码安装xlearn库的例子:https://blog.csdn.net/weixin_39750084/article/details/84894603。

参考文章:https://www.cnblogs.com/lxmhhy/p/6029465.html

2018-07-10 15:43:18 shenshenwu666 阅读数 3452

      最近在Linux下使用bedtools软件,在使用bedtools coverage时一直出现如下报错:

terminate called after throwing an instance of 'std::bad_alloc'
what(): std::bad_alloc
Aborted (core dumped)

      在网上查阅了很多,所有人都说是内存不够,但是并没有给出合适的解决办法。

      既然是内存不足,我第一反应是在PBS上一个人霸占一个结点的全部cpu,这样就可以使自己一个人使用全部的内存,但是却仍然报错。于是使用bedtools coverage -h仔细看了一下:

发现当输入的bam文件是经过sort的话,可以加上-sort参数,而几乎所有我们会用到的bam文件都是经过sort的,我的也不例外,于是我尝试了一下加上-sorted,意外的发现解决了这个问题,不再出现内存不足的报错。

2011-12-20 15:37:30 lidongtang 阅读数 3892

RedHat 4 重启机器出现

EXT3-fs error(device hda3) in start_transaction:Journal has aborted 

进入不了系统,强制关闭机器后,再次重启进入到了repair filesystem

fsch  /dev/VolGroup00/LogVol00

一直按回车,终于把文件系统修复好

reboot后,机器能正常启动

出现磁盘坏道问题的原因不明:我现在想可能是在reboot时,有文件正在写操作。这几天经常无故断电

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