软件使用_软件使用说明 - CSDN
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  • S32软件使用

    千次阅读 2018-11-22 21:43:36
    1.在S32代码编辑区的左侧滑条上右击可快速设置显示行号等设置。 2.在Debug时,可先暂停后,在Expressions菜单栏中修改某个变量的值。

    1.在S32代码编辑区的左侧滑条上右击可快速设置显示行号等设置。

    2.在Debug时,可先暂停后,在Expressions菜单栏中修改某个变量的值。

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  • 软件使用体验

    2019-07-05 07:50:44
    2019年6月13日周四下午四点半到七点,在王建民老师的组织下,我参加了2017级软件工程专业交流,该活动的交流对象为2017级软件工程全体成员和2018级软件工程全体成员,专业交流共有27组作品,其中组号1-13号团队在...

        2019613日周四下午四点半到七点,在王建民老师的组织下,我参加了2017级软件工程专业交流,该活动的交流对象为2017级软件工程全体成员和2018级软件工程全体成员,专业交流共有27组作品,其中组号1-13号团队在信息学院办公楼215,组号14-27号团队在信息学院办公楼308。首先2018级软件工程全体成员需要参观27个团队项目,在每个项目参观完毕后签到。参观完27个团队项目以后,为自己喜欢的团队投出宝贵的一票,经过了慎重考虑后,我将自己的票投给了第三组项目,该项目的应用叫做“跑跑”,顾名思义就可以想到这是一个与跑步有关的APP,下面来讲述一下我个人对这一APP的体验心得。

       首先这款APP的登录界面很清新,是浅绿色的,并且加载界面有keep cool的字样,可以说是很吸引人了。进入主页面之后,可以看到一个日历,它可以记载用户的运动信息,点击开始跑步后开始计步,用户可以查看运动消耗的卡路里,运动的距离和时间。虽然这款APP功能很好,但还是有一些不足之处,以下是我反馈的建议。

    .当用户点击退出登录以后该用户的数据便消失了,下次再登录就看不到的以往的数据,二.运动分为等级,每种等级有一颗星星,但是用户无法看到具体的成绩。三.运动时间不能太短,太短无法记录成绩。四.在连接地图的时候需要校准,在校准之间的距离也会被计算

     

     

    转载于:https://www.cnblogs.com/xhj1074376195/p/11031852.html

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  • 软件使用总结

    千次阅读 2017-11-15 19:35:56
    软件一:MITObim - 线粒体诱饵和迭代映射 VERSIONS :1.9(稳定 - 依赖于MIRA 4.0.2) 我提供了进一步的例子(https://github.com/chrishah/MITObim/tree/master/examples) 必备条件 ------------- - GNU工具 ...
    软件一:MITObim - 线粒体诱饵和迭代映射
    VERSIONS :1.9(稳定 - 依赖于MIRA 4.0.2)
    我提供了进一步的例子(https://github.com/chrishah/MITObim/tree/master/examples)
    必备条件
    -------------
    - GNU工具
    - Perl
    - MIRA的运行版本
    MIRA 4.0.2     http://sourceforge.net/projects/mira-assembler/files/MIRA/stable/
    ** MIRA的预编译**二进制文件可用于Linux和OSX   http://mira-assembler.sourceforge.net/docs/DefinitiveGuideToMIRA.html“MIRA的最终指南”

    MITObim程序(线粒体诱饵和迭代映射)
    代表了直接从总基因组DNA衍生的NGS读取中组装非模式生物的新线粒体基因组的高效方法。
    脚本正在执行三个步骤并迭代地重复:
    (i)从先前的映射组合中导出参考序列,
    (ii)使用新导出的参考进行的电脑诱饵
    (iii)先前捕获的读取被映射到新导出的引用,导致扩展的参考序列
    需要将包含MIRA可执行文件的目录放在PATH中才能成功 使用MITObim.pl
    如果您不能或不会这样做,您还可以通过--mirapath选项告诉MITObim在哪里找到正确的MIRA二进制文件
    - 从Github下载MITObim包装器脚本和testdata,例如 将整个MITObim存储库下载到zip存档(使用Github页面上的按钮)或在命令行上使用git(`git clone --recursive git:// github.com / chrishah / MITObim.git`)

    在ubuntu上安装docker应该是一样简单:
    ```bash
    sudo apt-get install docker.io
    ```
    然后,您可以在计算机上指定一个将与映像中的/ home / data目录同步的工作目录,并输入自包含的shell环境以运行MITObim:
    ```bash
    WORKING_DIR=/您/所需/工作/目录
    sudo docker run -i -t -v $ WORKING_DIR /:/ home / data chrishah / mitobim / bin / bash


    if you found MITObim useful, please cite:
    Hahn C, Bachmann L and Chevreux B. (2013) Reconstructing mitochondrial genomes directly from genomic next-generation sequencing reads -
    a baiting and iterative mapping approach. Nucl. Acids Res. 41(13):e129. doi: 10.1093/nar/gkt371

    *************************************************************************************************************************************************************************
    usage: ./MITObim.pl <parameters>
       
    parameters:
      -start <int>  iteration to start with (default=0, when using '-quick' reference)
      -end <int>  iteration to end with (default=startiteration, i.e. if not specified otherwise stop after 1 iteration)
      -sample <string> sampleID (please don't use '.' in the sampleID). If resuming, the sampleID needs to be identical to that of the previous iteration / MIRA assembly.
      -ref <string>  referenceID. If resuming, use the same as in previous iteration/initial MIRA assembly.
      -readpool <FILE> readpool in fastq format (*.gz is also allowed). read pairs need to be interleaved for full functionality of the '-pair' option below.
                    -quick <FILE>           reference sequence to be used as bait in fasta format
                    -maf <FILE>             extracts reference from maf file created by previous MITObim iteration/MIRA assembly (resume)
      
    optional:
      --kbait <int>  set kmer for baiting stringency (default: 31)
      --platform  specify sequencing platform (default: 'solexa'; other options: 'iontor', '454', 'pacbio')
      --denovo  runs MIRA in denovo mode
      --pair   extend readpool to contain full read pairs, even if only one member was baited (relies on /1 and /2 header convention for read pairs) (default: no).
      --verbose  show detailed output of MIRA modules (default: no)
      --split   split reference at positions with more than 5N (default: no)
      --help   shows this helpful information
      --clean                 retain only the last 2 iteration directories (default: no)
      --trimreads  trim data (default: no; we recommend to trim beforehand and feed MITObim with pre trimmed data)
      --trimoverhang  trim overhang up- and downstream of reference, i.e. don't extend the bait, just re-assemble (default: no)
      --mismatch <int> number of allowed mismatches in mapping - only for illumina data (default: 15% of avg. read length)
      --min_cov <int>  minimum average coverage of contigs to be retained (default: 0 - off)
      --min_len <int>  minimum length of contig to be retained as backbone (default: 0 - off)
      --mirapath <string>     full path to MIRA binaries (only needed if MIRA is not in PATH)
      --redirect_tmp  redirect temporary output to this location (useful in case you are running MITObim on an NFS mount)
      --NFS_warn_only  allow MIRA to run on NFS mount without aborting -  warn only (expert option - see MIRA documentation 'check_nfs')
      --version  display MITObim version
      
    examples:
      ./MITObim.pl -start 1 -end 5 -sample StrainX -ref reference-mt -readpool illumina_readpool.fastq -maf initial_assembly.maf
      ./MITObim.pl -end 10 -quick reference.fasta -sample StrainY -ref reference-mt -readpool illumina_readpool.fastq


    TUTORIAL I: reconstruction of a mitochondrial genome using a two step procedure
    a. Initial mapping assembly using MIRA:(初始组装基因)
     -bash-4.1$ mkdir tutorial1
     -bash-4.1$ cd tutorial1
     -bash-4.1$ cp /PATH/TO/testdata1/Tthymallus-150bp-300sd50-interleaved.fastq initial-mapping-testpool-to-Salpinus-mt_in.solexa.fastq
     -bash-4.1$ cp /PATH/TO/testdata1/Salpinus-mt-genome-NC_000861.fasta initial-mapping-testpool-to-Salpinus-mt_backbone_in.fasta
     -bash-4.1$ ln -s /PATH/TO/testdata1/Tthymallus-150bp-300sd50-interleaved.fastq reads.fastq
     -bash-4.1$ ln -s /PATH/TO/testdata1/Salpinus-mt-genome-NC_000861.fasta reference.fa
     -bash-4.1$ echo -e "\n#manifest file for basic mapping assembly with illumina data using MIRA 4\n\nproject = initial-mapping-testpool-to-Salpinus-mt\n\njob=genome,mapping,accurate\n\nparameters = -NW:mrnl=0 -AS:nop=1 SOLEXA_SETTINGS -CO:msr=no\n\nreadgroup\nis_reference\ndata = reference.fa\nstrain = Salpinus-mt-genome\n\nreadgroup = reads\ndata = reads.fastq\ntechnology = solexa\nstrain = testpool\n" > manifest.conf
     -bash-4.1$ head -n 20 manifest.conf
     -bash-4.1$ mira manifest.conf
              运行结果在a.txt中
     -bash-4.1$ ls -hlrt
     -bash-4.1$ ls -hlrt initial-mapping-testpool-to-Salpinus-mt_assembly/
              The newly constructed reference(新的参考序列位置) is contained in the file `initial-mapping-testpool-to-Salpinus-mt_out.maf` in the `initial-mapping-testpool-to-Salpinus-mt_d_results` directory.
    b. Baiting and iterative mapping using the MITObim.pl script:
     -bash-4.1$ /PATH/TO/MITObim.pl -start 1 -end 10 -sample testpool -ref Salpinus_mt_genome -readpool reads.fastq -maf initial-mapping-testpool-to-Salpinus-mt_assembly/initial-mapping-testpool-to-Salpinus-mt_d_results/initial-mapping-testpool-to-Salpinus-mt_out.maf &> log
              pwd:/home/cainana/MITObim/dir/tutorial2
              running mapping assembly using MIRA
      readpool contains 6000 reads
      assembly contains 1 contig(s)
      contig length: 16664
      MITObim has reached a stationary read number after 5 iterations!!
      Final assembly result will be written to file: /home/cainana/MITObim/dir/tutorial2/iteration5/testpool_Salpinus_mt_genome-it5_noIUPAC.fasta
    TUTORIAL II - direct reconstruction without prior mapping assembly using the --quick option(无需之前的基因组装,直接用-quick选项重建)(*approximate runtime: 4 min*)
     
     -bash-4.1$ mkdir tutorial3
     -bash-4.1$ cd tutorial3
     -bash-4.1$ /PATH/TO/MITObim.pl -start 1 -end 30 -sample testpool -ref Salpinus_mt_genome -readpool ~/PATH/TO/testdata1/Tthymallus-150bp-300sd50-interleaved.fastq --quick ~/PATH/TO/testdata1/Salpinus-mt-genome-NC_000861.fasta &> log
                 
      result:reconstruct the mitochondrial genome and reach a stationary number of mitochondrial reads only after 14 iterations
                     324.1MB
    TUTORIAL III - reconstructing mt genomes from mt barcode seeds(mt maybe is mitochondrial)(*approximate runtime: 20 min*)
     
     -bash-1.4$ mkdir tutorial4
     -bash-1.4$ cd tutorial4
     -bash-1.4$ ~/PATH/TO/MITObim.pl -sample testpool -ref Tthymallus-COI -readpool ~/PATH/TO/testdata1/Tthymallus-150bp-300sd50-interleaved.fastq --quick ~/PATH/TO/testdata1/Tthymallus-COI-partial-HQ961018.fasta -end 100 --clean &> log
      
      MITObim reconstructs the mitchondrial genome in 82  iterations. runtime: 6 min
      `--clean` option which tells MITObim to always only keep the latest two iteration directories to save space
                    ls tutorial4 
         only iteration81\iteration82\log  85.1MB
    For "well behaved" datasets 
            _de novo_ assembly(--denovo` flag)
     read pair information(`--paired` flag) can further speed up the reconstruction
     (*approximate runtime: 10 min*)
     
     -bash-4.1$ mkdir tutorial3-denovo
     -bash-4.1$ cd tutorial3-denovo
     -bash-4.1$ ~/PATH/TO/MITObim.pl -sample testpool -ref Tthymallus-COI -readpool ~/PATH/TO/testdata1/Tthymallus-150bp-300sd50-interleaved.fastq --quick ~/PATH/TO/testdata1/Tthymallus-COI-partial-HQ961018.fasta -end 50 --denovo --paired --clean &> log
      run的过程中tutorial4-denovo下不断更新 latest 3 dir and log  END: 30\31
      runtime:3 min   93.9MB
    ~/MITObim/MITObim.pl --sample SRR831234 -ref GQ368662 -readpool ~/F/genomes/SRR831234.fastq --quick ~/F/genomes/GQ368662.fasta -end 5 --denovo --paired --clean &>log
      
      Fatal error (may be due to problems of the input data or parameters):
     
       ********************************************************************************
      * Tmp directory is on a NFS mount ... but we don't want that.                  *(最好不要把临时文件放在挂在的磁盘上,会很慢)  a controlled program stop
       ********************************************************************************
    cainana@cainana-VirtualBox:~/genomes/reconstruction/work2$ ~/MITObim/MITObim.pl --sample SRR831234 -ref GQ368662 -readpool ~/genomes/SRR831234.fastq --quick ~/genomes/GQ368662.fasta -end 5 --denovo --paired --clean &>log
                   error
    ********************************
    ******************************
    **************************
    ************************
    *********************
    *******************
    ****************
    **************
    *************
    ***********
    *********
    *******
    *****
    技术路线
    1、对比 Bowtie2-2.2.9
     $./bowtie2-build AJ492192.fasta AJ492192
     $./bowtie2 -x AJ492192 -U SRR831234.fastq -s SRR831234_bowtie.sam
    2、格式处理 Picard
     $ java -jar picard.jar SortSam I=SRR831234_bowtie.sam O=SRR831234_bowtie_s.sam SORT_ORDER=coordinate
     $ java -jar picard.jar SamToFastq I=SRR831234_bowtie_S.sam FASTQ=SRR831234_bowtie_pic.fastq
    3、组装 MITObim_1.8
     $nohup ./MITObim_1.8.pl -start 1 -end 30 -sample SRR831234 -ref AJ492192 -readpool SRR831234_bowtie_pic_QC.fastq
       / --quick AJ492192.fasta --mirapath /home/su/cesar/mira_4.0.2_linux-gnu_x86_64_static/bin --NFE_warn_only >log &  (kbait= 31 default)
    4、环化 BLAST+
    5、查重 Notepad++
    6、注释 bioedit
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  • github客户端教程

    2016-05-10 14:35:49
    在网上搜索了下github的教程,都是讲的用命令行去提交代码的,真心不想这么麻烦,都有客户端了,还去这么麻烦,程序员还要着干嘛呢.于是网上找了一份客户端的教程,转载过来. 一:下载GitHub for Windows 2.0 ...

    在网上搜索了下github的教程,都是讲的用命令行去提交代码的,真心不想这么麻烦,都有客户端了,还去这么麻烦,程序员还要着干嘛呢.于是网上找了一份客户端的教程,转载过来.

    一:下载GitHub for Windows 2.0

    下载地址:https://windows.github.com/

    GitHub for Windows 2

    二:安装GitHub

    下载之后点击

    GitHub for Windows 2

    进行安装过程,安装之后桌面上会有两个图标,如下图

    GitHub for Windows 2 GitHub for Windows 2

    三:新建项目

    GitHub是图形界面模式,Git Shell是命令行模式,在Windows系统下我们使用GitHub进行代码管理。
    1:打开GitHub图形界面,输入用户名密码或注册新账号,如下图:

    GitHub for Windows 2

    2:登录之后新建项目

    点击左上角

    GitHub for Windows 2

    进行新建项目,如下图所示:

    GitHub for Windows 2

    新建之后如下图所示:

    GitHub for Windows 2

    在电脑上查找刚才所选择的路径,会发现在该路径下会新建一个“Temp”文件夹,如下图所示:

    GitHub for Windows 2

    点击软件右上角

    GitHub for Windows 2

    填写项目说明,如下图所示:

    GitHub for Windows 2

    下一步点击右上角

    GitHub for Windows 2

    展开之后点击

    GitHub for Windows 2

    在浏览器中查看项目详情,如下图所示:

    GitHub for Windows 2

    3:在计算机中Temp文件夹下添加一个空白文档”测试.doc“,如下图所示:

    GitHub for Windows 2

    下一步打开GitHub程序,会发现界面有所改变,之后按照提示填写内容,然后点击

    GitHub for Windows 2

    提交即可,如下图所示:

    GitHub for Windows 2

    提交之后如下图所示,然后点击右上角

    GitHub for Windows 2

    进行同步

    GitHub for Windows 2

    同步完之后在浏览器中查看,这时项目的提交次数已经变成了”2“,如下图所示:

    GitHub for Windows 2

    点击

    GitHub for Windows 2

    可以查看先前的版本,如下图所示:

    GitHub for Windows 2

    四:修改项目

    在计算机中修改先前新建的空白文档”测试.doc“,如下图所示:

    GitHub for Windows 2

    修改保存之后,在软件中再一次进行提交同步操作,如下图所示:

    GitHub for Windows 2

    同步之后再浏览器中查看,提交次数已经变成了3次,之后可以分别下载第二次与第三次提交的文档,可以比较看出我们修改的内容。

    五:删除项目

    想要删除不需要的项目时,点击右下方

    GitHub for Windows 2

    进入删除页面,然后点击页面最下方

    GitHub for Windows 2

    弹出删除框,然后填写删除项目的名称,然后点击

    GitHub for Windows 2

    进行删除,如下图所示:

    GitHub for Windows 2

    六:结束细语

    GitHub for Windows简化了一些概念和操作,并且几乎所有主要操作都通过图形界面来完成,基本上能完成日常写作了。这些主要的简化包括:

    1. 将push到远程仓库简化为一个同步按钮
    2. 将提交到本地仓库简化为只需要对一些列修改添加评论
    更多的,还包括分支的建立和管理,这部分自己去探索吧,总之,GitHub for Windows确实是一个非常好的工具。

    GitHub功能十分强大,但是对于新手而言用起来确实有点困难,本篇文章只是演示简单的用法,接下来如果有时间会详细的给大家讲讲GitHub的用法。

    转载请注明:爱分享 » Windows英文版GitHub客户端使用操作流程图文攻略教程现没中文版
    原文地址:http://www.ihref.com/read-16514.html


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