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  • structure 2.3.4 软件使用指南

    千次阅读 2019-05-19 17:51:14
    软件下载 structure

    1. 软件下载

    structure
    Windows版建议安装桌面版(graphical front end), Linux建议安装终端版(without front end)
    在这里插入图片描述

    2. 安装指南

    Instructions

    Windows
    直接双击安装包, 进行安装即可. 安装完成后, 桌面上有快捷方式:
    在这里插入图片描述

    Mac OS X
    软件包是一个可执行文件, 双击Structure.dmg, 会打开软件, 创建一个快捷方式即可.
    在这里插入图片描述
    Unix/Linux

    下载软件包, 解压进入软件包文件夹, 会有structure可执行文件, 运行./structure即可.

    wget https://web.stanford.edu/group/pritchardlab/structure_software/release_versions/v2.3.4/release/structure_linux_console.tar.gz
    tar zxvf structure_linux_console.tar.gz 
    cd console/
    ./structure
    

    出现下面代码, 说明运行成功:

    (base) [dengfei@localhost console]$ ./structure
    
    
    ----------------------------------------------------
    STRUCTURE by Pritchard, Stephens and Donnelly (2000)
         and Falush, Stephens and Pritchard (2003)
           Code by Pritchard, Falush and Hubisz
                 Version 2.3.4 (Jul 2012)
    ----------------------------------------------------
    
    
    Reading file "mainparams".
    datafile is
    infile
    Reading file "extraparams".
    Note: RANDOMIZE is set to 1. The random number generator will be initialized using the system clock, ignoring any specified value of SEED.
    Unable to open the file infile.
    
    Exiting the program due to error(s) listed above.
    
    

    3. 示例数据

    示例数据
    在这里插入图片描述
    五种类型的数据:

    • Simulated microsatellite test data
    • AFLP data from whitefish.
    • SNP and microsatellite data from the HGDP.
    • Thrush data from original Structure paper
    • Simulated microsatellite data with location information

    4. plink数据格式转化为structure

    .recode.strct_in (Structure format)
    Produced by "--recode structure", for use by Structure. This format cannot be loaded by PLINK.
    
    A text file with two header lines: the first header line lists all V variant IDs, while each entry in the second line is the difference between the current variant's base-pair coordinate and the previous variant's bp coordinate (or -1 when the current variant starts a new chromosome). This is followed by one line per sample with the following 2V+2 fields:
    
    1. Within-family ID
    2. Positive integer, unique for each FID
    3-(2V+2). Genotype calls, with the A1 allele coded as '1', A2 = '2', and missing = '0'
    

    用法:
    使用参数--recode structure, 结果生成:.recode.strct_in的后缀文件.
    plink --file name --recode structure --out result

    还可以使用Mega2进行格式转化, 转化方法

    5. 使用admixture的数据进行测试

    查看数据:

    (base) [dengfei@localhost test]$ ls 
    hapmap3.bed  hapmap3.bim  hapmap3.fam  hapmap3.map
    

    使用plink进行格式转化:

    plink --bfile hapmap3 --recode structure --out test_structure
    
    

    生成test_structure.recode.strct_in文件, 用这个文件进行操作.

    数据格式如下:

    rs10458597 rs12562034 rs2710875 rs11260566 rs1312568 rs35154105 rs16824508 rs2678939 rs7553178 rs133763
    -1 203827 209332 200465 206966 213697 200280 201401 204163 202132 226411 200445 201484 200329 205708 20
    NA19916 1 2 2 2 2 1 1 2 2 2 2 2 2 1 2 1 2 2 2 1 2 2 2 2 2 1 1 2 2 2 2 2 2 2 2 1 2 1 1 1 2 1 2 1 2 1 2 1
    NA19835 2 2 2 1 2 1 2 1 2 2 2 2 2 2 2 1 2 2 2 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 1 2 1 2 2 2 2 2 1 2 1
    NA20282 3 2 2 2 2 1 2 1 2 1 2 2 2 2 2 1 1 1 2 2 2 2 2 2 2 1 2 2 2 2 2 1 2 2 2 1 2 2 2 2 2 1 2 1 1 2 2 1
    NA19703 4 2 2 2 2 1 2 2 2 1 2 2 2 2 2 1 2 2 2 1 2 2 2 2 2 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 1 2 1 2 2 2 1 2 1 2 2 2 2
    NA19901 5 2 2 2 2 1 2 1 2 2 2 2 2 2 2 1 1 2 2 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 1 2 2 2 2 2 1 2 2 2 1 2 1 1 1 2 1 1 2
    NA19908 6 2 2 1 2 2 2 2 2 1 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 1 2 1
    NA19914 7 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 2 2 2 2 1 1 1 2 2 2 2 2 1 2 2 2 2 2 2 2 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 1 2 2 2 1
    NA20287 8 2 2 2 2 1 1 2 2 2 2 2 2 2 2 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 1 2 2 2 1 2 2 2 2 2 1 2 1 2 1 2 1 1 2 2 2 2 2
    NA19713 9 2 2 2 2 1 2 1 2 2 2 2 2 2 2 1 1 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 2 2 1 2 2 2 2 2 1 2 1 1 2 2 1 2 1 2 2 2 2
    NA19904 10 2 2 2 2 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 2 2 2 2 2 2 1 2 2 2 2 2 2 2 1 2 2 2 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 0 0 
    NA19917 1 2 2 2 2 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 1 2 2 2 2 2 2 2 1
    

    6. 导入数据到structure软件中

    双击打开软件
    在这里插入图片描述
    点击File, 点击New Project
    在这里插入图片描述
    键入名称: name1(自己命名即可)
    选择文件所在的文件夹
    选择文件
    在这里插入图片描述
    数据可以提前预览, 可以看到:
    个体数为: 324
    SNP个数为: 13928
    缺失定义为 -999
    在这里插入图片描述

    定义好之后:点击Next
    在这里插入图片描述

    定义行

    • 勾选: Row of marker names
    • 勾选: Row of recessive alleles
    • 勾选: Data file storges data for individuals in a single line
      在这里插入图片描述
      定义列:
      在这里插入图片描述

    在这里插入图片描述

    读入数据成功:
    在这里插入图片描述

    7. 定义参数

    在这里插入图片描述
    参数命名为t1
    在这里插入图片描述

    在这里插入图片描述
    定义为3个群体.
    在这里插入图片描述

    开始运行:
    在这里插入图片描述

    8. 查看结果

    在这里插入图片描述

    在这里插入图片描述

    结果文件:
    在这里插入图片描述

    在这里插入图片描述

    9. 使用admixture作为结果对比

     admixture hapmap3.bed 3
    
    

    在这里插入图片描述

    10. 使用admixture指定群体

    在这里插入图片描述
    如果没有群体的信息, 是无监督的学习, 会根据G矩阵进行自分类. 但是, 这种情况很少见, 一般我们都有一些先验性的信息, 比如已知某些个体是属于某一类群的, 这样分析效果更好.

    这样, 通过定义已知的个体的群体信息, 分类变为了有监督的学习(supervised learning ), admixture通过定义一个文件.pop,
    在这里插入图片描述

    pop文件特点, 前缀和ped或者bed前缀一样, 一行内容, 如果已知群体, 定义群体名称, 如果未知, 用-或者空格表示, 单独一行.

    比如, 如果9个个体, 6个知道群体类型,3个不知道群体类型, 定义如下:

    A
    A
    -
    -
    B
    B
    A
    -
    B
    

    运行命令时, 加上参数: --supervised

    这里, test.pop, 为手动生成的pop文件, 生成代码如下:

    a = data.frame(V1 = rep(c("A","-","B","-","C","-"),each=54))
    write.csv(a,"test.pop",row.names=F,quote=F)
    
     admixture test.ped 3 --supervised
    

    绘图:
    在这里插入图片描述

    在这里插入图片描述

    PS

    YouTube Structure 操作视频
    GCTA PCA分析以及软件安装教程
    Admixture使用说明文档cookbook

    展开全文
  • Structure(结构体)

    千次阅读 2018-02-19 21:41:24
    结 构 体一、结构体 数据类型——构造出来——一组数据 (不同数据类型) 面向对象二、语法 1、定义 Struct 结构体名 { 成员表; 成员函数; }结构体变量表; struct student{ int num; string name;...

    结 构 体

    一、结构体

      数据类型——构造出来——一组数据 (不同数据类型)

      面向对象

    二、语法

     1、定义

     

    Struct 结构体名

    {      成员表;      

    成员函数;

    }结构体变量表;

     

    struct student{

         int num;

         string name;

         bool sex;

    }a[62];

    Struct 结构体名

    {      成员表;      

    成员函数;

    };

    结构体名 结构体变量表;

    struct student{

         int num;

         string name;

         bool sex;

    };

    Student a[62];

    *定义结构体时系统不分配内存,只有定义结构体变量时,才分配内存。

    *结构体变量名与结构体名不能重复。

    2、调用

    成员调用

    Student.name

    成员函数调用

    Student.f(x)

    3、结构体变量的特点

      1、整体操作

       e.g  swap(a[j],a[j+1]);

    展开全文
  • structure种群划分软件

    2017-03-29 14:37:23
    多倍体种群划分软件
  • structure

    2019-06-29 14:23:10
    不管是什么东东,理论是一部分,我个人觉得更重要的一环还是在应用上,所以在这里叙述性的东西比较少,我挑了几个关于结构体重点的部分来学习结构体,对其进行一一举例,我想通过例子,理解起来将会更容易,更准确,...

      不管是什么东东,理论是一部分,我个人觉得更重要的一环还是在应用上,所以在这里叙述性的东西比较少,我挑了几个关于结构体重点的部分来学习结构体,对其进行一一举例,我想通过例子,理解起来将会更容易,更准确,更深刻。

    1,有关结构体类型

    结构体定义的一般形式

    struct 结构体名

    {

    类型数据 成员名1

    类型数据 成员名2

    ….... 成员名...;

    类型数据 成员名n;

    };//最后一个分号标志着类型定义的结束

    说明:(1)结构体内的成员名不能重名,但可以与结构体之外的同名

    2)结构体类型占用的存储空间的字节数等于所有成员占用存储空间字节数的总和

     

    结构体所占用的字节数
    #include"iostream"
    using namespace std;
    struct date
    {
    int year ;
    int month;
    int day;
    };
    struct list
    {
    int num;
    char name[10];
    char sex;
    int age;
    char add[20];
    float score;
    };
    int main()
    {
    cout
    <<sizeof(struct date)<<endl<<sizeof(struct list)<<endl;
    }

     

     

     

    2,结构体变量的引用

    引用的一般形式 结构体变量名.成员名

    (“.”结构体成员运算符,用来引用结构体变量的成员)

    说明:(1)“结构体变量名.成员名”是一个整体,表示一个成员变量

    2)若成员变量本身又是一个结构体变量,只能引用最低一级的成员变量

     

     

    //结构体变量的引用(保存你的个人信息)
    #include"iostream"
    using namespace std;
    struct list
    {
    char num[100];
    int age;
    char ID[20];
    char name[10];
    char sex;
    char add[20];
    float score;
    };
    int main()
    {
    struct list s;
    scanf(
    "%s%d%s%s%s%s%f",&s.num,&s.age,&s.ID,&s.name,&s.sex,&s.add,&s.score);
    cout
    <<s.num<<endl;
    cout
    <<s.age<<endl;
    cout
    <<s.ID<<endl;
    cout
    <<s.name<<endl;
    cout
    <<s.sex<<endl;
    cout
    <<s.add<<endl;
    printf(
    "%.2lf\n",s.score);
    }

     

     

     

    3.结构体数组的引用

    一般形式: 数组名[下标]。成员名

    例如:

     

    对候选人得票的统计,输入每一张选票的名字,最后输出各候选人得票结果。
    #include"iostream"
    #include
    "string.h"
    using namespace std;
    struct person leader[100];
    struct person
    {
    char name[10];
    int count;
    }leader[
    3]={{"li",0},{"zhang",0},{"fang",0}};
    int main()
    {
    int i;
    char leader_name[10];
    scanf(
    "%s",&leader_name);//循环初始化
    while(strcmp(leader_name,"end")!='\n')//处理是否有效票
    {
    for(i=0;i<3;i++)
    if(strcmp(leader_name,leader[i].name)==0)
    leader[i].count
    ++;
    scanf(
    "%s",&leader_name);
    }
    for(i=0;i<3;i++)
    cout
    <<leader[i].name<<endl<<leader[i].count<<endl;
    }

     

     

     

    4,通过指针变量引用结构体变量

    一般形式: *指针变量名).成员名 指针变量名-->成员名

    说明:(1)通过指向结构体变量的指针变量,引用结构体变量的成员,就是用“*指针变量名”代替“结构体变量名”。

     2)“->”表示指向结构体成员运算符。

    如下,

     

    代码
    #include"iostream"
    using namespace std;
    int main()
    {
    struct list
    {
    int num;
    char name[100];
    float score;
    }s
    ={1,"王永飞",100};
    struct list *p=&s; //指针变量p指向结构体变量s
    cout<<s.num<<" "<<s.name<<" "<<s.score<<endl;
    cout
    <<(*p).num<<" "<<(*p).name<<" "<<(*p).score<<endl;
    cout
    <<p->num<<" "<<p->name<<" "<<p->score<<endl;
    }

     

     

     

    5,结构体指针变量作为函数参数

    用结构体类型的指针变量作为函数参数,就是把一个结构体变量的地址传递给函数。

    举例如下,

     

    代码
    #include"iostream"
    using namespace std;
    struct book
    {
    int count ;
    double price;
    }b
    ={5,17.3};
    void total(struct book *p)
    {
    double x;
    x
    =p->count*p->price;//数量*单价
    printf("%.2f\n",x);
    }
    int main()
    {
    //struct book b={5,17.3};
    total(&b);
    }

     

     

     

     

    代码
    #include"iostream"
    using namespace std;
    #define N 4
    struct list
    {
    int num;
    char name[10];
    float score;
    };
    void fun(struct list *p,int n)
    {
    struct list *q;
    int i,max;
    max
    =p->score;
    q
    =p;
    for(p++,i=1;i<n;i++)
    {
    if(p->score>max)
    {
    max
    =p->score;q=p;
    }
    p
    ++;
    }
    cout
    <<q->num<<" "<<q->name<<" "<<q->score<<endl;
    }
    int main()
    {
    struct list stu[N];
    int i;
    for(i=0;i<N;i++)
    scanf(
    "%d%s%f",&stu[i].num,&stu[i].name,&stu[i].score);
    fun(stu,N);
    }

     

     

     

    6,位段结构体

    目的:节省存储空间。

    定义的一般形式

    Struct 结构体名

    {

     数据类型 位段名 1:长度;

    数据类型 位段名 2:长度;

    ............ …;

    数据类型 位段n: 长度;

     

    }

    说明:位段的类型只有 unsigned int int .

    举例如下

     

    struct
    {
    unsigned a:
    1;
    unsigned b:
    1;
    unsigned c:
    1;
    }data;

     

     

     

     

     

     注释:以上内容不够全面,希望读者朋友能提出宝贵意见和建议,以便我在以后的学习过程当中逐渐充实有关结构体的内容。谢谢!

    转载于:https://www.cnblogs.com/FCWORLD/archive/2010/10/07/1845003.html

    展开全文
  • structure2.2

    2014-05-05 21:50:59
    一款流行的遗传群体结构分析软件,就是数据处理麻烦一点
  • Project Structure详解

    千次阅读 2019-05-09 16:10:11
    Project Structure “项目结构”对话框允许您管理项目和IDE级别的元素,例如Modules,Facets,Libraries, Artifacts和SDK。 在大多数情况下,左边部分有两个窗格实现了两级选择器。唯一的例外是当你选择项目,...

    Project Structure

    “ 项目结构”对话框允许您管理项目和IDE级别的元素,例如Modules,Facets,Libraries, Artifacts和SDK。

    在大多数情况下,左边部分有两个窗格实现了两级选择器。唯一的例外是当你选择项目,在这种情况下只有一个选择器窗格。 

    打开方式有两种:

    1. 通过工具栏

    2.通过快捷键

     Ctrl+Shift+Alt+S 

     

    Project

    指定项目名称,SDK,语言级别和编译器输出路径。

     

    • Project name:项目名,使用此字段编辑项目名称。
    • Project SDK:项目SDK,选择项目SDK。如果所需SDK不在列表中,请单击“ New”,然后选择所需的SDK类型。然后,在打开的对话框中,选择SDK主目录,然后单击确定。要查看或编辑所选SDK的名称和内容,请单击"Edit"。(SDK页面将打开。)
    • Project language level:选择要支持的Java语言级别。选定的级别将被用作项目默认值。

      可用选项对应于JDK版本:
      1.3 - 普通的旧Java
      1.4 - “断言”关键字
      5.0 - 'enum'关键字,自动装箱等
      6.0 - @Override在接口
      7.0 - 钻石,ARM,多捕获等
      8.0 - Lambda支持,类型注释等
      可以为您的任何模块设置单独的语言级别 。
      请注意,如果目标级别没有明确定义(编译器选项-target),则认为它与源语言级别相同。
      因此,如果-target没有明确定义,它将与语言水平同步。

    • Project compiler output:项目编译器输出,指定IntelliJ IDEA将存储编译结果的路径。单击选择路径对话框中browseButton 的目录。 

      指定目录中的两个子目录将被创建:
      production 为生产代码。
      test 为测试来源。
      在这些子目录中,将为每个模块创建单独的输出目录。输出路径可以在模块级重新定义。

     

    Modules 

    指定项目名称,SDK,语言级别和编译器输出路径。在“  Project Structure”对话框中的类别中,现有groups, modules, facets以及Flash模块的build configurations显示在元素选择器窗格中。(Facets and build configurations显示为模块元素。)

    • Name:项目名称
    • Souces:这里对Module的开发目录进行文件夹分类,就是说这个module里有什么内容,说明了不同性质的内容放在哪里。
      注意,这些不同内容的标记代表了一个标准Java工程的各项内容,IntelliJ就是根据这些标记来识别一个Java工程的各项内容的,比如,它会用javac去编译标记为Sources的源码,打包的时候会把标记为Resources的资源拷贝到jar包中,并且忽略标记为Exluded的内容。左边显示的是在选中内容的预览。
    • Paths:为模块配置编译器输出路径,还可以指定与模块关联的外部JavaDocs和外部注释的位置。
    • Dependencies:在此选项卡上,您可以定义模块SDK并形成模块依赖关系列表。

    Sources

    对module的开发目录进行文件夹分类,以让idea明白怎么去对待他们,明确哪些是存放源代码的文件夹,哪些是存放静态文件的文件夹,哪些是存放测试代码的文件夹,哪些是被排除编译的文件夹。

    Language level:语言级别列表,使用此列表为模块选择Java语言级别。可用选项对应于JDK版本。

    Sources:源代码存放的文件,蓝色。

    Tests:设置测试代码存放的文件件,绿色。

    Resources:一般对应着Sources文件,一般放配置文件,如:log4j.properties,application.yml。

    Test Resources:这个对应着Tests文件夹,存放着Tests代码的配置文件。

    Excluded:设置配出编译检查的文件,例如我们在project模块设置的out文件夹。

     

    Paths

     

    • Compiler output:编译输出路径。

           1. Inherit project compile output path:继承项目编译输出路径 选择此选项以使用为项目指定的路径。即上面在Project选项中设置的out文件路径。

           2. Use module compile output path:使用模块编译输出路径。

               Output path:编译输出路径。

               Test output path:测试代码编译输出路径。

               Exclude output paths: 排除输出路径,选中此复选框可以排除输出目录。

    • JavaDoc:使用可用控件组合与模块关联的外部JavaDocs存储位置的列表。
    • External Annotations:外部注释。使用新 和删除  管理与模块关联的外部注释的位置(目录)列表。

     

    Dependencies

    在此选项卡上,您可以定义模块SDK并形成模块依赖关系列表。

    • Module SDK:模块SDK,选择模块SDK。

      (要将项目SDK与模块相关联,请选择Project SDK。请注意,如果稍后更改了项目SDK,模块SDK将相应更改。
      如果所需SDK不在列表中,请单击“ 新建”,然后选择所需的SDK类型。然后,在打开的对话框中,选择SDK主目录,然后单击确定。
      要查看或编辑所选SDK的名称和内容,请单击编辑。(SDK页面将打开。)

    • 依赖列表
    • 相关性存储格式,选择用于存储依赖关系的格式(作为IntelliJ IDEA模块或Eclipse项目)。该选项对使用不同开发工具的团队有帮助。

     

    Libraries

     在此选项卡上,您可以定义模块SDK并形成模块依赖关系列表。

     

     首先,可以创建一个新的项目库,可以设置分类。

     

    可以添加本地jar包,网络来源的jar包,排除jar包,删除jar包。

     

    Facets

    表示这个 module 有什么特征,比如 Web,Spring 和 Hibernate 等; 

     

    Artifacts

    Artifact 是 maven 中的一个概念,表示某个 module 要如何打包,例如 war exploded、war、jar、ear 等等这种打包形式;
    一个 module 有了 Artifacts 就可以部署到应用服务器中了!
    在给项目配置 Artifacts 的时候有好多个 type 的选项,exploed 是什么意思?
    explode 在这里你可以理解为展开,不压缩的意思。也就是 war、jar 等产出物没压缩前的目录结构。建议在开发的时候使用这种模式,便于修改了文件的效果立刻显现出来。默认情况下,IDEA 的 Modules 和 Artifacts 的 output 目录 已经设置好了,不需要更改,
    打成 war 包 的时候会自动在 WEB-INF 目录 下生产 classes 目录 ,然后把编译后的文件放进去。

     

    SDKS

    系统开发工具 ,全局 SDK 配置 。
     

    Global libraries

    全局类库,可以配置一些常用的类库。

     

    Problems

    问题,在项目异常的时候很有用,可以根据提示进行项目修复(FIXED)。 

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