2017-11-06 13:47:09 m53931422 阅读数 2208

1、安装epel yum源

 1)安装
     rpm -ivh http://mirror.utexas.edu/epel/6/x86_64/epel-release-6-8.noarch.rpm
 2)查看
     rpm -qa|grep epel
 3)导入KEY
     rpm --import /etc/pki/rpm-gpg/RPM-GPG-KEY-EPEL-6

2、yum 安装R

 yum install R
2018-02-02 09:58:27 qq_21383435 阅读数 407

0.美图

在这里插入图片描述

Linux安装
R语言适用于多版本的Linux系统。

各版本Linux的各有不同。你可以用yum命令,如下所示的安装指令
安装R

yum install R

但是可能出现问题

yum no package R available

解决方法:
显示以上错误,有以下2种原因:

1、dns问题;

2、镜像连接错误;

DNS问题

首先测试下网络连接,如果ping不通,需要设置下DNS。

[root@localhost ~]# ping www.baidu.com
XXXXXXXXXXXXXXXXX
[root@localhost ~]# echo "nameserver 8.8.8.8">>/etc/resolv.conf

再次ping即可ping通了。

镜像连接错误问题

具体原因:使用yum搜索某些rpm包,找不到包是因为CentOS是RedHat企业版编译过来的,去掉了所有关于版权问题的东西。安装EPEL后可以很好的解决这个问题。EPEL(Extra Packages for Enterprise Linux )即企业版Linux的扩展包,提供了很多可共Centos使用的组件,安装完这个以后基本常用的rpm都可以找到。

Method #1 » 从企业版Linux库配置包中安装扩展包。(推荐 )

[root@localhost ~]# sudo yum install epel-release

再次安装就可以了

yum install R

结果如下:

这里写图片描述

如果出现包无法下载,请试试重新执行命令

测试是否安装成功

这里写图片描述

2. 安装Rserve

install.packages('Rserve')

这里写图片描述

2是选择下载Rserve的下载镜像

退出测试是否安装成功

这里写图片描述

3.启动Rserve

[root@hzjs225 ~]# R CMD Rserve  

R version 3.4.3 (2017-11-30) -- "Kite-Eating Tree"
Copyright (C) 2017 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-redhat-linux-gnu (64-bit)

R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under certain conditions.
Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.

  Natural language support but running in an English locale

R is a collaborative project with many contributors.
Type 'contributors()' for more information and
'citation()' on how to cite R or R packages in publications.

Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.

Rserv started in daemon mode.

最后一句说是作为守护程序启动

4.查看进程

[root@hzjs225 ~]# ps -aux|grep Rserve
Warning: bad syntax, perhaps a bogus '-'? See /usr/share/doc/procps-3.2.8/FAQ
root     14148  0.0  0.7 272336 31332 ?        Ss   16:22   0:00 /usr/lib64/R/bin/Rserve
root     14151  0.0  0.0 103252   844 pts/0    S+   16:23   0:00 grep Rserve
[root@hzjs225 ~]# 

5.查看端口

[root@hzjs225 ~]# netstat -nltp|grep Rserve
tcp        0      0 127.0.0.1:6311              0.0.0.0:*                   LISTEN      14148/Rserve        
[root@hzjs225 ~]# 

6.杀掉刚才的Rserve守护进程

kill -9 14148

7. 打开远程模式重新启动

R CMD Rserve --RS-enable-remote

查看端口,0 0.0.0.0:6311,表示不限IP访问了

[root@hzjs225 ~]# netstat -nltp|grep Rserve      
tcp        0      0 0.0.0.0:6311                0.0.0.0:*                   LISTEN      14166/Rserve 

参考:http://blog.fens.me/r-rserve-java/

2019-04-30 15:28:12 majianxiong_lzu 阅读数 409

R语言因为依赖很多,选择yum方式安装会极大地减少组织依赖的成本,本文介绍如何在Linux中使用yum安装R。

操作系统:CentOS 7.2

EPEL介绍

EPEL (Extra Packages for Enterprise Linux)是基于Fedora的一个项目,为“红帽系”的操作系统提供额外的软件包,适用于RHEL、CentOS和Scientific Linux。

使用EPEL镜像源安装软件时,系统会自动选择就近的源,如访问http://download.fedoraproject.org/pub/epel/7时国内会自动跳转到清华的镜像,地址如下为https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/epel/7/
在这里插入图片描述
镜像提供针对x86_64、aarch64(飞腾)、ppc64等常见架构的包,CentOS属于x86_64架构,进入x86_64/Packages/r/目录,可以看到大量跟R相关的包。
在这里插入图片描述

配置yum源

R语言的RPM包正是通过EPEL提供的,因此我们必须先配置yum源。

R官方的介绍文档https://cran.r-project.org/bin/linux/redhat/README中为我们指明了道路,但估计很多人看到这份文档就放弃了。

通过README进入https://fedoraproject.org/wiki/EPEL,这里为我们介绍了如何使用EPEL,通过以下命令可以快速构建EPEL yum源。

yum install https://dl.fedoraproject.org/pub/epel/epel-release-latest-7.noarch.rpm
此rpm中,主要包括epel.repo和epel-testing.repo等镜像源配置文件,通过这种方式可以快速配置yum源。

安装

配置好yum源后安装R就是水到渠成的事,只需一条命令即可。

yum -y install R

安装完成后,输入R命令进入控制台。
在这里插入图片描述

附镜像源配置文件epel.repo

[epel]
name=Extra Packages for Enterprise Linux 7 - $basearch
#baseurl=http://download.fedoraproject.org/pub/epel/7/$basearch
metalink=https://mirrors.fedoraproject.org/metalink?repo=epel-7&arch=$basearch
failovermethod=priority
enabled=1
gpgcheck=1
gpgkey=file:///etc/pki/rpm-gpg/RPM-GPG-KEY-EPEL-7

[epel-debuginfo]
name=Extra Packages for Enterprise Linux 7 - $basearch - Debug
#baseurl=http://download.fedoraproject.org/pub/epel/7/$basearch/debug
metalink=https://mirrors.fedoraproject.org/metalink?repo=epel-debug-7&arch=$basearch
failovermethod=priority
enabled=0
gpgkey=file:///etc/pki/rpm-gpg/RPM-GPG-KEY-EPEL-7
gpgcheck=1

[epel-source]
name=Extra Packages for Enterprise Linux 7 - $basearch - Source
#baseurl=http://download.fedoraproject.org/pub/epel/7/SRPMS
metalink=https://mirrors.fedoraproject.org/metalink?repo=epel-source-7&arch=$basearch
failovermethod=priority
enabled=0
gpgkey=file:///etc/pki/rpm-gpg/RPM-GPG-KEY-EPEL-7
gpgcheck=1
2017-08-24 13:54:47 ldyeyuguo1346 阅读数 887

记第一次安装 R语言,并安装R 依赖包环境;

安装第三方包 openair 需要 >= 3.2.0

1.安装 R 3.2.5

参考文章:http://blog.sina.com.cn/s/blog_5753ac150101vgua.html

安装配置 ./configure –prefix=… –enable-R-shlib –with-x=no

安装好了 R 环境后;进入 R

2.安装 openair

安装 openair 包 
$ R
install.packages('openair')
报错了:**下面是报错信息**
..../R_X11.so: undefined symbol: png_set_longjmp_fn

解决方式

1.改成手动下载 openair 本地包 : https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/openair/

 $ R CMD INSTALL openair_1.9-0.tar.gz

2.报错了:
报错提示:缺少依赖包 mapdata
下载 mapdata 本地包 : https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/mapdata/

$ R CMD INSTALL mapdata_2.2-4.tar.gz #maps 包需要 >= 2.2.4,否则报错

ok,本地的 mapdata 安装正确

3.继续安装 maps R包
下载 maps 本地包 https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/maps/

$ R CMD INSTALL maps_2.3-11.tar.gz

4.继续安装 openair 本地包

$ R CMD INSTALL openair_1.9-0.tar.gz

也ok啦,此时完成安装本地的 openair

3.使用 R 保存图片时候,又报错了

报错信息:
错误原因:linux 环境不支持X11保存图片,换成另外一个包 Cairo

解决方式
参考文章:http://blog.sina.com.cn/s/blog_14e18411e0102x2jp.html

不使用X11,使用 Cairo 来保存;
1.安装 linux 的Cairo 依赖环境

$ sudo yum install cairo* libxt*

2.使用 R 包安装 install.packages(‘Cairo’);
报错了,换成本地包安装

3.下载 Cairo 本地包 https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/Cairo/
使用的是 Cairo_1.5-5.tar.gz

$ R CMD INSTALL Cairo_1.5-5.tar.gz

所有依赖包都搞定了 没有报错 最后一步就是修改代码,把原来X11保存图片的 改成 Cairo

library('Cairo');
CairoPNG(...)

使用python rpy2 调用 R 程序异常解决

1.引入 rpy2 环境报错

import rpy2.robjects as robjects
''' error: 
unable to load shared object /xxxx/xxx/R-install/lib64/R/library/stats/libs/stats.so
libRlapack.so: cannot open shared object file: No such file or directory
'''

搜谷歌:libRlapack.so
https://stackoverflow.com/questions/21333097/got-message-unable-to-load-shared-object-stats-so-when-r-starts

R CMD ldd /xxxx/xxx/R-install/lib64/R/library/stats/libs/stats.so
'''
列出了:
        linux-vdso.so.1 =>  (0x00007fffd8f99000)
        #改信息去查看,是有该文件的
        libRlapack.so => /xxxx/xxx/R-install/R-install/lib64/R/lib/libRlapack.so (0x00007ff0e62a5000)

        libRblas.so => /xxxx/xxx/R-install/R-install/lib64/R/lib/libRblas.so (0x00007ff0e6079000)
        libgfortran.so.3 => /usr/lib64/libgfortran.so.3 (0x00007ff0e5d75000)
        libm.so.6 => /lib64/libm.so.6 (0x00007ff0e5af1000)
        libR.so => /xxxx/xxx/R-install/R-install/lib64/R/lib/libR.so (0x00007ff0e54a5000)
        libgomp.so.1 => /usr/lib64/libgomp.so.1 (0x00007ff0e5290000)
        libpthread.so.0 => /lib64/libpthread.so.0 (0x00007ff0e5073000)
        libc.so.6 => /lib64/libc.so.6 (0x00007ff0e4cde000)
        libreadline.so.6 => /lib64/libreadline.so.6 (0x00007ff0e4a9b000)
        libz.so.1 => /lib64/libz.so.1 (0x00007ff0e4885000)
        librt.so.1 => /lib64/librt.so.1 (0x00007ff0e467c000)
        libdl.so.2 => /lib64/libdl.so.2 (0x00007ff0e4478000)
        /lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x00007ff0e690c000)
        libtinfo.so.5 => /lib64/libtinfo.so.5 (0x00007ff0e4257000)
'''

参考改文章:http://blog.sciencenet.cn/blog-830496-891715.html

# 把上面 stats.so 里的 libRlapack.so 的地址 copy 到 R 的安装目录下的 lib64(或 lib) 文件夹下
$ cp /xxxx/xxx/R-install/R-install/lib64/R/modules/ /xxxx/xxx/R-install/R-install/lib64/libRlapack.so
import rpy2.robjects as robjects 
# 成功,不报错了

总结:

依赖包:

mapdata_2.2-4.tar.gz
maps_2.3-11.tar.gz
openair_1.9-0.tar.gz
Cairo_1.5-5.tar.gz

参考文章:

编译R时的配置 :
http://blog.sina.com.cn/s/blog_5753ac150101vgua.html
http://debugo.com/linux-r-install/

解决找不到 libRlapack :
https://stackoverflow.com/questions/21333097/got-message-unable-to-load-shared-object-stats-so-when-r-starts

解决 X11 问题:
http://blog.sina.com.cn/s/blog_14e18411e0102x2jp.html

解决 Cairo 的linux 依赖包环境问题:https://stackoverflow.com/questions/38137546/x11-is-not-available-centos

2017-09-12 10:48:29 u013421629 阅读数 4507
tar -zxvf R-3.4.1.tar.gz
cd R-3.4.1

yum install gcc-gfortran            
yum install gcc gcc-c++              

yum install readline-devel
yum install libXt-devel
yum install zlib-devel
yum -y install bzip2-devel 
yum install -y xz-devel.x86_64
yum install -y libcurl-devel

缺少什么就使用yum search 缺少的名称,再根据相应的包来进行安装。
如果使用rJava需要加上 –enable-R-shlib

mkdir work
cd work
mkdir R

cd R-3.4.1
./configure  --enable-R-shlib --prefix=/root/work/R
make
make install

加入环境变量

vim /etc/profile
export PATH=$PATH:/root/R-3.4.1/bin;
source /etc/profile

进入R的环境
R

>install.packages("ggplot2")

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